Ao confrontar inimigos, Indy tem uma grande variedade de opções, desde combatê-los com seus próprios punhos até os desarmar com seu chicote ou usar armas de fogo. O jogo tem também um grande foco em furtividade, permitindo abater inimigos silenciosamente, esconder seus corpos e arremessar objetos para atrair atenção. Além de usar suas habilidades para abates silenciosos, também há momentos em que jogadores podem se disfarçar para entrar em locais com segurança rigorosa. Semelhante aos games da série Hitman, os players devem evitar levantar suspeitas e saber quais pessoas evitar, como aquelas que saberiam identificar um impostor.